To Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου είναι αρμόδιο ιδίως για τον έλεγχο της διοικητικής δράσης όλων των υπηρεσιών της Περιφέρειας, ώστε να προλαμβάνονται και να αποκαθίστανται διοικητικές και οργανωτικές δυσλειτουργίες και για τη διερεύνηση καταγγελιών πολιτών. Το Τμήμα υποχρεούται να υποβάλλει ανά τρίμηνο αναλυτική έκθεση στον Περιφερειάρχη για κάθε οργανική μονάδα ξεχωριστά.
