Η Κεντρική Υπηρεσία της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων διαρθρώνεται ως κατωτέρω:
α. Γραφείο Περιφερειάρχη.
β. Γραφεία Αντιπεριφερειαρχών.
γ. Γενική Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού, Περιβάλλοντος και Υποδομών.
δ. Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Λειτουργίας.
ε. Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής.
στ. Γενική Διεύθυνση Ανάπτυξης.
ζ. Γενική Διεύθυνση Μεταφορών και Επικοινωνιών.
η. Γενική Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας.
4. Στην Κεντρική Υπηρεσία της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων λειτουργούν επίσης και οι παρακάτω Υπηρεσίες:
α. Νομική Υπηρεσία.
β. Αυτοτελής Διεύθυνση Πολιτικής Προστασίας.
γ. Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου.
δ. Αυτοτελές Τμήμα Παλλαϊκής Άμυνας και Πολιτικής Σχεδίασης Εκτάκτων Αναγκών (ΠΑΜ-ΠΣΕΑ).
ε. Αυτοτελές Γραφείο Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων.
